Apa itu File Protein Data Bank (PDB) dan Cara Membukanya di Windows 10/11

 

Protein Data Bank (PDB) adalah file 3D molecular yang menyimpan struktur molekul. Sekarang, jika anda bertanya-tanya bagaimana cara membuka file seperti itu di PC Windows 10 atau Windows 11 anda, maka artikel ini akan menarik bagi anda. Disini, kita akan membahas file PDB secara detail dan cara melihat file tersebut di Windows 10 atau Windows 11 anda. Jadi, tanpa banyak basa-basi, mari kita periksa!

Apa itu File Protein Data Bank (PDB)?

Protein Data Bank (PDB) adalah database untuk data struktural 3D protein, asam nukleat dan molekul besar lainnya. File dengan ekstensi file pdb pada dasarnya adalah file yang berisi data yang terkait dengan struktur molekul biologis 3D. Data tersebut meliputi koordinat atom, struktur atom, konektivitas atom, struktur protein, struktur asam nukleat dan masih banyak lagi. Ini juga berisi metadata eksperimental.

Format file ini sebagian besar digunakan dalam Bioinformatika untuk bertukar koordinat protein. Ini berisi ribuan baris yang menggambarkan struktur protein. Sekarang, jika anda ingin membaca atau melihat file PDB di PC Windows, maka anda perlu menggunakan tool pihak ketiga khusus karena tidak ada aplikasi bawaan Windows untuk melakukannya. Dalam artikel ini, kita akan membahas berbagai metode untuk melihat file PDB di Windows 10 atau Windows 11.

Cara Melihat File Protein Data Bank (PDB) di Windows 10/11

Ada dua metode untuk melihat file Protein Data Bank (PDB) di Windows 10 atau Windows 11 anda. Anda dapat menggunakan salah satu metode dibawah ini untuk membuka dan melihat file PDB.

I. Gunakan Software Gratis untuk Melihat File PDB

Anda dapat menggunakan software pihak ketiga untuk Windows yang memungkinkan anda membuka dan melihat file PDB. Ada beberapa aplikasi desktop gratis yang tersedia untuk Windows yang dapat anda coba. Berikut adalah beberapa yang bagus yang dapat anda gunakan.

1. IQmol

IQmol adalah editor molekuler dan software visualisasi open-source gratis untuk Windows 10 dan Windows 11. Dengan menggunakannya, anda dapat melihat PDB serta berbagai file molekul 3D lainnya, misalnya, MOL, SMI, CUBE, XYZ dan lainnya. Anda dapat menemukan semua tool visualisasi molekul penting dalam software ini. Tool ini berkisar dari yang dasar hingga yang canggih. Selain melihat file PDB, anda juga dapat mengedit struktur molekul.

Ini memungkinkan anda membuka beberapa file PDB sekaligus dan melihat semuanya sekaligus. Dari panel Model View, anda dapat mengaktifkan atau menonaktifkan visualisasi satu atau lebih file PDB.

Fitur Utama IQmol:

Fitur penampil file PDB gratis dan open source yang dapat anda perhatikan adalah:

• Anda dapat menemukan semua tool tampilan file standar yang mencakup zoom in/out (menggunakan roda mouse), pan, rotasi, tampilan fullscreen, tampilan reset, show axis dan lainnya.

• Ini memungkinkan anda menyesuaikan tampilan model dengan mengedit pengaturan seperti shader, ambient, difus, fog strength, highlight, noise intensity, opsi POV-Ray dan lainnya.

• Anda juga dapat menambahkan label atom seperti massa atom, muatan parsial, NMR, spin density dan lainnya.

• Hal ini memungkinkan anda dapat mengatur pengaturan kamera sesuai keinginan anda. Anda dapat menyesuaikan proyeksi kamera, posisi dan lainnya.

• Ada fitur Auto Rotation yang berguna di dalamnya yang memungkinkan anda untuk membiarkan model molekul berputar secara otomatis.

• Anda dapat menyimpan tampilan struktur protein saat ini dalam format gambar seperti PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS dan lainnya.

• Ini juga memungkinkan anda mengkonversi PDB ke file molekul lain menggunakan fungsi Save as. Format output yang didukung adalah XYZ, MOL, MOL2, CML dan lainnya.

• Anda juga dapat menggunakan fitur Calculation untuk menghitung energi struktur molekul, gaya, PES scan, status transisi, pergeseran kimia, geometri, dekomposisi energi, koreksi BSSE dan lainnya.

Selain fitur tampilan, anda mendapatkan menu Build khusus dengan serangkaian fitur pembuatan molekul. Fitur-fitur ini termasuk menambahkan atom baru, memasukkan molekul baru, meminimalkan struktur, mengatur isotop dan banyak lagi.

Ini adalah software pemodelan molekul yang sangat bagus yang dapat digunakan untuk memvisualisasikan file Protein Data Bank di PC anda. Jika anda menyukainya, mendownloadnya disini.

2. Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer adalah penampil file PDB gratis khusus untuk Windows 10 dan Windows 11. Ini memungkinkan anda memvisualisasikan dan menganalisis beberapa struktur protein sekaligus. Anda dapat menganalisis struktur protein, struktur DNA dan lainnya yang terdapat dalam file PDB. Selain file PDB, ini juga memungkinkan anda membuka dan melihat file MOL dan MMCIF.

Saat anda membuka file PDB, tampilan 3D ditampilkan di antarmuka bersama dengan jendela Control Panel. Control Panel berisi informasi umum, daftar dan header file. Anda dapat dengan mudah memindahkan struktur, memutarnya, memperbesar/memperkecil dan lainnya.

Ini juga memungkinkan anda menampilkan atau menyembunyikan permukaan titik, backbone, ikatan Hidrogen, vektor gaya dan lainnya sesuai keinginan anda. Anda juga dapat menyorot bagian yang berbeda dalam skema warna yang berbeda untuk menganalisis struktur dengan lebih baik. Selain itu, anda dapat menggunakan fitur tampilan seperti Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels dan lainnya.

Selain alat visualisasi, anda juga mendapatkan banyak fitur pemodelan molekul di dalamnya. Selain itu, menghitung energi, menghitung ikatan Hidrogen, menganalisis domain, mendeteksi domain, menghasilkan motif 3D, membangun simetri kristalografi dan lebih banyak alat juga hadir di dalamnya.

Anda dapat mendownload Swiss-PdbViewer dari website resminya.

3. CueMol

CueMol adalah penampil PDB gratis lainnya untuk Windows 10 dan Windows 11. Ini adalah tool visualisasi struktur makromolekul yang dapat digunakan untuk melihat file PDB. File lain yang dapat anda buka dan lihat di dalamnya adalah DX, MAP, MTZ, CNS dan lainnya.

Ini memungkinkan anda beralih antara mode tampilan Perspective atau Orthographic, memutar model, memperbesar/memperkecil dan lainnya. Anda dapat merender model menggunakan POV-Ray dan metode rendering animasi di dalamnya. Struktur yang diberikan dapat disimpan dalam format PNG. Tool pengukuran juga tersedia yang memungkinkan anda mengukur jarak, sudut dan torsi dalam model.

Anda juga dapat menemukan beberapa tool tambahan untuk menganalisis lebih lanjut struktur protein. Tool-tool ini termasuk Molecular Superposition, Mol surface cutter, Mol surface generation, Mol bond editor, Interaction Analysis, Mol morphing animation dan lainnya.

Ini adalah software yang baik untuk memvisualisasikan dan menganalisis struktur protein yang ada dalam file PDB.

4. Molekel

Software penampil PDB berikutnya dalam daftar ini adalah Molekel. Ini adalah software visualisasi molekul yang cukup tua namun kuat yang memungkinkan anda membuka dan melihat file PDB. Anda dapat menemukan banyak tool visualisasi dan analisis molekul yang memungkinkan anda menganalisis struktur protein.

Ini memungkinkan anda menyesuaikan tampilan molekul, atom, ikatan, residu dan lainnya. Anda dapat memilih jenis tampilan yang berbeda untuk masing-masing seperti Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Line Ribbon dan lainnya. Anda juga dapat menyesuaikan properties tampilan 3D, menampilkan/ menyembunyikan kotak pembatas, menggunakan shader dan lainnya. Ini memungkinkan anda melihat file PDB dengan mengubah kerapatan elektron permukaan struktur dan menambahkan permukaan yang dapat diakses pelarut ke struktur.

Anda dapat menemukan fitur Animation di dalamnya untuk memutar animasi struktur molekul. Menu Analysis khusus dengan tool masing-masing juga ada di dalamnya. Dengan menggunakan tool analisis, anda dapat menentukan data grid, kerapatan putaran, potensial elektrostatik molekul, spektrum radiasi, jarak, sudut dan lebih banyak lagi struktur.

Ini juga memungkinkan anda mengkonversi file PDB anda ke berbagai format file. Format ini termasuk PDF, PS, EPS dan Image. Jika anda menyukainya, anda bisa mendapatkannya disini.

5. RasMol

Anda juga dapat menggunakan RasMol untuk melihat file PDB di Windows 10 atau Windows 11 anda. Ini adalah software gratis dan open-source yang memungkinkan anda untuk memvisualisasikan dan menganalisis struktur molekul. Ini juga mendukung file lain untuk dibuka dan dilihat, seperti MOL, XYZ, CIF, MOPAC dan lainnya.

Ini memungkinkan anda melihat struktur dalam bentuk Wireframe, Backbone, Sticks, Ribbons, Strands dan lainnya. Anda juga dapat menyorot bagian-bagian berbeda dari struktur dengan warna berbeda. Ini juga memungkinkan anda untuk menampilkan atau menyembunyikan Atom Hidrogen, Atom Hetero, Shadow, Label dan lainnya sesuai preferensi anda. Anda juga dapat mengukur jarak, torsi, sudut dan nilai lainnya dalam suatu struktur.

Software ini dapat anda download disini.

II. Coba Tool Online Gratis untuk Membaca File PDB

Anda juga dapat menggunakan tool online gratis untuk membuka dan melihat file PDB. Yang harus anda lakukan adalah membuka website di browser web anda dan mengupload file PDB anda untuk melihatnya. Berikut adalah beberapa penampil PDB online gratis yang bagus yang dapat anda coba.

1. RCSB PDB

Anda dapat menggunakan tool online gratis yang bernama RCSB PDB untuk memvisualisasikan file Protein Data Bank. Ini memungkinkan anda mengimpor file PDB dan kemudian memvisualisasikan dan menganalisis struktur molekulnya.

Anda dapat menemukan beberapa fungsi visualisasi dasar seperti Zoom, Rotate, Toggle Expanded Portview, Reset Camera, Toggle Selection Mode dan lainnya. Ini juga memungkinkan anda mengkonfigurasi beberapa pengaturan atau opsi kontrol seperti mode kamera (perspective atau orthographic), warna background, aktifkan/nonaktifkan oklusi, aktifkan/nonaktifkan fog, kliping, layout dan lainnya.

Muncul dengan fungsi Animate. Dengan ini, anda dapat memutar struktur protein secara otomatis. Saat melakukannya,anda dapat menyesuaikan kecepatan dan sudut rotasi. Anda juga mendapatkan tool Measurement khusus di dalamnya. Dengan menggunakan tool ini, anda dapat mengetahui beberapa nilai seperti jarak, orientasi, sudut dan lainnya.

Selain fitur-fitur ini, beberapa tool yang lebih berguna yang tersedia di dalamnya adalah Structure Motif Search, Add Components, Export Animations, Export Geometry (STL, OBJ dan lainnya) dan Export Model.

Secara keseluruhan, ini adalah penampil PDB online gratis yang sangat bagus dengan seperangkat tool visualisasi yang hebat. Anda bisa mencobanya disini.

2. Molsoft

Molsoft adalah tool online lain yang dapat anda gunakan untuk memvisualisasikan struktur PDB. Ini adalah penampil file PDB sederhana dengan fitur dasar. Untuk memulainya, buka website Molsoft dan klik opsi menu tiga garis. Setelah itu, pilih opsi Open untuk mengimpor file PDB yang disimpan secara lokal atau mengunggah file dari Google Drive anda. Saat anda memilih file, itu akan menunjukkan kepada anda struktur molekul di penampilnya.

Anda dapat menggunakan mode Display yang berbeda untuk memvisualisasikan struktur. Mode ini termasuk wireframe, Creatine phosphokinase (CPK), ball & stick, ribbon dan lainnya. Anda dapat dengan mudah beralih di antara mode display ini sesuai kebutuhan anda. Selain itu, ini memungkinkan anda mengaktifkan atau menonaktifkan label atom, label residu, ikatan hidrogen dan situs untuk pemahaman struktur yang lebih baik.

Ini juga menyediakan tool pengukuran. Anda dapat mengukur jarak, planar angle dan torsion angle dalam model. Juga, fitur Color by yang berguna untuk mewarnai struktur berdasarkan jenis atom, rantai, pelurusan, struktur sekunder dan banyak lagi tersedia di dalamnya.

Ini adalah penampil file PDB online bagus lainnya yang dapat anda coba secara gratis.

Semoga bermanfaat! Anda kemudian dapat membaca artikel saya lainnya tentang cara buka file tanpa ekstensi di Windows 10/11 atau cara membuat, melihat dan mengedit file GEDCOM di Windows 10/11.

Sekian tutorial kali ini. Semoga bermanfaat dan membantu anda dalam memahami apa itu file Protein Data Bank (PDB) dan cara membukanya di Windows 10 atau Windows 11 anda. Jangan lupa tinggalkan komentar anda dibawah ini untuk berbagi pemikiran serta pengalaman anda dalam mengikuti tutorial ini. Terimakasih dan GBU. BERSATU LAWAN COVID-19!!